Смерть Бирбала, убийство Абу-л-Фазла, предательство Салима и недавняя потеря матери разбили сердце Акбара. В 1605 году он заболел дизентерией, и она оказалась для него смертельной.
Принц Салим пришел отдать свое почтение отцу в его последние дни. Акбар жестом велел сыну надеть императорский тюрбан себе на голову и взять императорский меч, принадлежавший Хумаюну. Потом он дал знак принцу выйти из комнаты.
До последней минуты с Акбаром оставались только его тринадцатилетний внук, принц Куррам, и несколько близких друзей. Когда мать Куррама хотела выпроводить его из комнаты, он сказал: «Нет! Пока в теле Шах Бабы (Акбара) теплится жизнь, ничто не заставит меня уйти».
Непобедимый Акбар умер 27 октября 1605 года, пробыв на престоле почти 50 лет. Он оставил Салиму империю, которая простиралась от порогов Персии на западе до Бенгалии на востоке субконтинента, а на юге вплоть до плато Деккан. Это была одна из самых великих и прославленных империй за всю мировую историю.